Twilit Parasite——Diababa
弱点： 疾风回旋镖、炸弹和剑。
战斗的第一部分，你需要瞄准从腐烂的木头中长出的炸弹。用 R 键（或双节棍上的 Z 键）瞄准它们，然后瞄准迪亚巴巴的嘴。对每个头都这样做，让它们掉下来，然后迪亚巴巴的主头就会出现。等待你之前打过的猴子 Ook 过来瞄准他携带的炸弹，然后瞄准迪亚巴巴。如果做得正确，迪亚巴巴的脸就会被炸弹击中。击打他的弱点，也就是嘴里的尖头，以伤害他。再次重复，用最后一击结束他，快速获胜！
暮光点火器 Fyrus
弱点： 箭与剑。
Fyrus 是个简单的 Boss。只需拿起弓，将一支箭射向他头顶发光的眼睛即可。他会稍微失明，你可以花时间拉开他的锁链。抓住锁链，装备铁靴，向后拉，让他倒下。重复几次，用终结一击结束他。你会收集另一个心之容器和一个融合阴影碎片。
Twilit Aquatic：Morpheel
弱点： 爪击和剑。
在战斗的第一阶段，Morpheel 大部分时间都躲在沙子下面，但它的大嘴巴张开，触手伸出，就像在试图吞食猎物一样……不幸的是，你是他的猎物。有时会有一只眼球从触手中伸出来，所以用爪子抓住它，然后把它拉近你，用你的剑尽可能多地击打它，并试着用爪子把它拉回来。重复三次，然后 Morpheel 就会……非常生气。
Morpheel 会从沙中爬出来，露出整个身体……这是您在这款游戏中遇到的最大 Boss！靠近他的头部侧面或顶部，瞄准他头上的眼睛。如果您正确使用 Clawshot，您可以抓住他的身体并造成大量伤害。除非您想被吸进去并吃掉，否则不要瞄准他的正面。经过几轮射击和一击终结（快速击杀）后，Morpheel 会倒地死亡。
Twilit 化石——Stallord
弱点： 旋转器和剑。
另一个大 Boss，但比 Morpheel 小。拿起旋转器，骑在环的一侧。到达他的脊柱，从侧面射击，然后旋转器向他侧面射击，对他的脊柱进行旋转攻击。几个亡灵士兵会保护他免受攻击，所以只需杀死他们，然后反弹回环的一侧，然后再回到他的脊柱。三次击中将击倒野兽，沙子会向下收缩。继续前进，使用平台中心的旋转器将其抬起……突然，Stallord 的头再次飘起，将你击倒在平台上，进行下一场战斗。
乘坐旋转器并沿着中心平台行驶。通过弹跳到您旁边的墙壁来避开迎面而来的尖刺。继续这样做并避开 Stallord 的火球。当他足够接近时，用旋转器弹跳到他的脸上将他击倒。完成后，用你的剑攻击他（大师之剑会造成更大的伤害）。继续这样做大约三轮，他就会倒下，留下一个心脏容器和暮光之镜的入口。
暮光冰块 – Blizzeta
弱点： 球和链。
Blizzeta 看上去很容易对付，但如果你不注意的话，她可能很难对付。在她的第一种形态下，只需试着用铁球和铁链击打她，直到它变小。她会派出几个迷你冰块来攻击你，所以在它们击中你之前试着扔出铁球和铁链。当你打破所有的冰时，Blizzeta 会大叫，要另一个冰盒围绕着她，还有几个尖刺。
将摄像机倾斜到头顶并避开尖刺。当所有尖刺都掉落时，尝试打破一两个。然后前往房间的中心部分，穿过尖刺圈中的开口，转身用铁球和铁链击打 Blizzeta。继续此动作三次，她将被击败。
暮光蜘蛛 – Armogohma
弱点： 箭矢，统治权杖。（真实形态）
对大多数物品敏感（大眼球蜘蛛）
在这场战斗中，Armo Ghoma 会站在天花板上，当它睁开头上的大红眼时，用弓和箭向它射击。避开它射出的光束，向它的眼睛射箭，让它倒下。跑到它身边，使用离它最近的 Dominion Rod，然后再次使用它来击打 Armogohma。重复三次，你就会打败她……或者不会。战斗仍将继续，因为大红眼仍在四处乱跑。惊喜！这是另一只蜘蛛！用任何武器杀死它，获得另一个心之容器和镜子碎片。
暮光之龙——阿尔戈洛克
弱点： 双爪、铁靴和剑。
Argorok 是空中 Boss，您无法立即用剑攻击它。装备铁靴以避开这只野兽制造的风。避开它的低空攻击。当它休息时，用爪子抓住它的尾巴，然后用铁靴将它拉下来，使它掉落。一些护甲会脱落……继续重复此操作，直到它的所有护甲都脱落。
现在你惹怒了他。用爪子攻击空中的 Peahat，然后继续从 Peahat 射击到 Peahat，Argorok 则释放出一股火焰。当它停下来休息时，用爪子攻击他的背部弱点，并继续用剑猛击。继续攻击大约三轮，然后用最后一击结束他（如果你想的话）。恭喜！又一个心之容器和最后一块镜子碎片！
篡位之王——扎特
弱点： 疾风回旋镖、铁靴、爪击、铁球和锁链、剑。
Zant 有一系列六个战斗阶段。在 Diababa 阶段，使用 Gale Boomerang 瞄准他并将他带到岸边，避免他的快速火球攻击。在 Goron Mines 小头目阶段，尽量站稳脚跟并再次避免他的火球攻击。跑到他身边并砍开他。在 Morpheel 阶段，您必须注意 Zant 的大头隐藏在哪个。找到它后，使用 Clawshot 将他拉到您身边，然后用您的剑攻击他。在 Ook 的阶段，他的行为与 Ook 非常相似，因此使用 Gale Boomerang 击晕他，然后滚到柱子上将他击倒并用剑击打他。在 Blizzeta 的阶段，他会变得非常大并试图踩踏您。用 Ball and Chain 伤害他的脚，然后追逐这个小家伙并用您的剑击打他。最后一个阶段更难，因为他疯狂地用剑追逐您并试图将您砍成碎片。避开这些和他的旋转攻击以造成伤害。你可以用自己的旋转攻击来反射他的旋转攻击。之后他将被击败，米德娜将重新获得融合阴影并刺穿篡位者国王并使其膨胀直至爆炸，留下一个心形容器。
加侬的傀儡——塞尔达
弱点： 反射的能量球。
加侬附身在塞尔达公主的身体上，以为你不会伤害他。他大错特错。他有三种攻击方式：能量球、三角力量标记和用剑对你发起全面攻击。当他充能能量球时，用你的剑（或者如果你想笑一笑，也可以用你的瓶子）反射它。当他使用三角力量标记时，远离标记并向一侧躲避，因为它会伤害你。剑攻击也是一样；最好通过后切（不按剑按钮）来避免这种攻击。打败他之后，米德娜会将他从塞尔达的身体中拉出来……现在开始下一场战斗。
黑暗野兽——加侬
弱点： 箭，剑。
狂怒的加侬变成了野兽形态，加侬！他会冲向你，所以你可以用箭射他，或者使用米德娜。使用米德娜更容易，所以变成一只狼，抓住他，把他翻过来，露出他的弱点，他的肚子。反复砍它（或者做一次致命一击来省力），他就会站起来发疯。他会在房间里四处移动，所以找到他会出来的传送门，再次变成狼，然后把他翻过来，重复这个过程。继续这个过程，然后他就会倒下……然而，他又变成了一个燃烧的头。米德娜会把林克和塞尔达带到安全的地方，并牺牲自己来结束加侬……但这还不够……
黑暗君主加侬多夫 (骑马)
弱点： 光箭（塞尔达）、剑（林克）。
现在米德娜被认为已经死了，林克和塞尔达必须骑马攻击加农多夫。使用旋转攻击来避开加农创造的鬼魂。躲在加农身后，希望塞尔达能击中他。当她这样做时，加农会减速并被击晕。用你的剑攻击他（旋转攻击很好）。重复这个过程，直到他倒下，导致与加农多夫的下一场也是最后一场战斗。
黑暗魔王加侬多夫 (剑斗)
弱点： 大师之剑、钓鱼竿（分散注意力）
在这场Boss战中，你需要攻击加农多夫的弱点——他胸口闪闪发光的银色标记。一开始他会向你冲过来，所以你可以进行跳跃攻击。反复按下图示按钮，将他击退，然后疯狂地挥砍，造成大量伤害。有时，他会向你冲过来，狠狠地揍你一顿，所以要小心。使用钓鱼竿分散他的注意力，以便有机会偷袭。你也可以背切他。用最后一击终结他，击败他（使用大师之剑，因为奥顿之剑不起作用）！恭喜！你击败了黄昏公主！