林克手上的印记注定了他要成为英雄，但在完成第一次探险后的平静岁月里，他却变得焦躁不安。他游走于森林，穿越沙漠，深入海拉鲁的洞穴，寻找能够解释他不安情绪的线索。在此期间，他察觉到鸟兽之间，甚至草叶间传来一阵低语：这片土地上出现了一种新的魔法，无名而可怕。
塞尔达公主静静地躺着，如同大理石般，沉睡在魔法的无梦长眠中。当林克在北宫发现她如此装扮时，他立刻意识到她被施了魔法。他最大的恐惧终于成真了。塞尔达拒绝向巫师透露三角力量的秘密，最终导致了自己的毁灭。但一切并非注定。如果林克能够解开大宫殿的秘密，他就能拯救塞尔达和勇气三角力量。
林克再次踏上田野和森林，但这些地方已变得荒凉危险，栖息着昔日的敌人。林克发现自己每一步都得依靠智慧和剑术。一些他从未见过的生物也伏击了他：从树上掉下来的被称为迪勒的蜘蛛，从坦塔里沙漠中拔地而起的高大盖尔达姆，当然还有手持长矛、满怀仇恨的莫布林。
林克的任务是进入六座宫殿，将一颗丢失的水晶重新镶嵌在雕像上。这些雕像合在一起，组成了大宫殿的魔法锁。只有重新镶嵌六颗水晶，林克才能打开最后一扇门。然而，在每座宫殿里，他都必须与一位实力强大的雕像守护者战斗：巨龙巴巴、骑士铁克核、巫师卡洛克等等。
关闭宫殿的同时，林克走遍了整个海拉鲁，从西北的鲁托到南边的死亡山脉，从风暴海峡的岛宫到远东海域的迷宫岛。他竭尽所能地帮助村民，但他从未忘记自己的最终目标。最终，在揭开老卡苏托的秘密后，林克继续前进，前往大宫殿，在那里他遇到了雷鸟。
雷鸟被击败后，林克以为塞尔达和海拉鲁就得救了，但事与愿违……至少现在还不行。林克旅途劳顿，又要打败一个敌人——一个出乎意料的敌人，让他不知所措，因为这个敌人就是他自己的影子。
