自时之英雄拯救世界以来，已经过去了数月。 Hyrule 从加农多夫的魔爪中逃脱 时光之笛出于个人追求，一位年轻人 Link 他骑着他忠实的骏马， Epona他深入迷失森林阴暗曲折的小路。他寻找的并非冒险，而是一位在共同经历磨难后失散的挚友：他的仙子伙伴。 Navi.
而不是找到 Navi, Link孤独的寻找被暴力打断。两个调皮捣蛋的小仙女，伶牙俐齿的 塔尔 和她胆小的弟弟 両突然冲出来，令人震惊 Epona 并发送 Link 他跌倒在森林地面上。还没等他反应过来，一个身影从黑暗中出现——一个奇怪的骷髅小子，他的脸被一个阴森华丽的心形面具遮住，面具上涌动着黑暗能量： Majora面具.
被面具的邪恶力量控制，骷髅小子在茫然无措的人群中翻找。 Link的财物，抢走珍贵的东西 时光之笛. Link 他拼命扑向骷髅小子，但这个顽皮的家伙瞬间恢复了平衡。骷髅小子发出残忍的笑声，跳到惊慌失措的他身上。 Epona 然后策马奔腾而去，消失在一棵巨大的枯树干张开的黑暗隧道中。
他决心找回被盗的马和圣器。 Link 他徒步追赶，一头扎进那条怪异的通道。小路曲折蜿蜒，把他引到一处突如其来的悬崖边。他失去平衡， Link 坠入令人迷失方向的深渊，砰的一声落在一块大石头上。 Deku 花朵远在下方。他抬头望去，只见骷髅小子带着塔特尔和泰尔，正等着他。骷髅小子嘲讽地举起陶笛，释放出可怕的诅咒。黑暗魔法瞬间吞噬了一切。 Link他痛苦地扭动着身体，将自己缩小成一个无助的木制躯体。 Deku 擦洗。
残忍行径过后，骷髅小子带着泰尔从附近的一扇门溜走，冷酷地抛弃了塔特尔。塔特尔被困住，起初还责怪他。 Link 塔特尔很快意识到自己身陷困境，不得不与变身后的英雄待在一起。为了与哥哥团聚并对抗被面具控制的骷髅小子，她勉强同意帮忙。 Link 在这个陌生的地方摸索前进。
穿过这扇门， Deku Link 塔特尔并没有回到树林里，而是来到了一座巨大钟楼昏暗的底部。他们误打误撞地闯了进来。 Termina一个平行于……的世界 Hyrule在这里，他们立刻遇到了神秘的 快乐的面具推销员他认出了折磨他的诅咒 Link 并揭示了可怕的真相：邪恶的 Majora他的面具被偷了，他正在执行一项任务。 Link 只需很短的时间即可将其找回 三天.
走出钟楼，踏入熙熙攘攘的钟楼镇中心，真正的恐怖才显露出来。阴森森地低垂在空中的是…… Termina月亮，它的脸扭曲成一个恐怖的、狞笑的模样。被……赋予力量 Majora戴上面具，骷髅小子就让它走上了碰撞之路。 72小时月球将会坠落，摧毁时钟镇和所有的一切。 Termina.
困于陌生的躯体，身处异乡，面临迫在眉睫的厄运， Link他的冒险变得无比紧迫。他能否在这个注定毁灭的世界中生存下去，找到重获自由的方法？ Hylian 形成，找回时光之笛，或许可以操控这最后时刻的流逝，拯救 Epona阻止骷髅小子，取回危险物品 Majora《推销员的面具》，并保存 Termina 在时间耗尽之前，能否避免彻底毁灭？三天倒计时已经开始。
