自从时间英雄从加农多夫手中拯救海拉鲁以来，已经过去了几个月 时光之笛年轻的林克，在个人使命的驱使下，骑着他忠诚的坐骑艾波娜，深入迷失森林阴暗蜿蜒的小路。他追寻的并非冒险，而是在寻找一位在共同经历磨难后失散的挚友：他的精灵同伴纳维。
林克的孤独搜寻非但没有找到纳维，反而被粗暴地打断了。两个淘气的妖精，尖嘴利舌的 塔尔 和她胆小的弟弟 両，猛地冲了出来，吓了艾波娜一跳，林克也摔倒在地。还没等他反应过来，一道身影从昏暗中冒了出来——一个古怪的骷髅小子，他的脸被一个华丽的心形面具遮蔽，面具里散发着黑暗的能量： 马若拉的面具.
骷髅小子被面具的邪恶力量所控制，翻遍了茫然的林克的物品，抢走了珍贵的 时光之笛林克拼命扑上去，扑向骷髅小子，但这只顽皮的家伙瞬间就恢复了原状。骷髅小子发出一声残忍的笑声，扑向惊慌失措的埃波娜，飞奔而去，消失在一棵巨大的枯树干张开的巨口中，树干形成了一条黑暗的隧道。
林克决心要找回失窃的马匹和圣器，于是徒步追赶，一头扎进了诡异的通道。通道蜿蜒曲折，将他引向一个陡峭的岩架。他失去平衡，坠入令人晕眩的深渊，砰的一声落在下方一朵巨大的德库花上。他抬头一看，发现骷髅小子正和塔特尔、塔尔护卫着他，正等着他。骷髅小子嘲讽地举起陶笛，释放出一道可怕的诅咒。黑暗魔法吞噬了林克，他的身体痛苦地扭曲，最终缩成一具无助的德库灌木的木头。
骷髅小子做完残忍的勾当后，带着塔尔冲进附近的一扇门，冷酷地抛弃了塔特尔。塔特尔被困在林克的牢笼中，起初她将自己的困境归咎于林克，但她很快意识到自己和这位变身的英雄被困在了一起。为了与哥哥重聚，并对抗被面具控制的骷髅小子，她勉强同意帮助林克穿越这个陌生的地方。
穿过门后，德库·林克和塔特尔并没有回到树林里，而是走进了一座巨大钟楼昏暗的底部。他们无意中发现了 Termina，一个与海拉鲁平行的世界。在这里，他们立即遇到了神秘的 快乐的面具推销员他意识到林克身上的诅咒，并揭露了可怕的真相：邪恶的马祖拉面具被人偷走了，他要求林克在短短的时间内将其取回。 三天.
走出钟楼，走进喧嚣的钟镇中心，真正的恐怖便浮现眼前。阴森地低悬在空中的是特米娜之月，它那张阴森可怖、阴险狡诈的脸庞，仿佛要将她撕成碎片。骷髅小子凭借梅祖拉面具的力量，将她引向了冲突的轨道。仅仅…… 72小时，月球将会坠落，摧毁时钟镇和整个终端城。
林克被困在一具陌生的躯体中，置身于一片陌生的土地，面临即将到来的毁灭，他的任务变得刻不容缓。他能否在这个注定毁灭的世界中生存，找到恢复海利亚形态的方法，找回时光之笛，或许还能操纵这最后时刻的流逝，救出艾波娜，阻止骷髅小子，为推销员取回危险的姆吉拉面具，并在时间耗尽之前拯救特米纳免于彻底毁灭？为期三天的倒计时已经开始。
